聯盟的最高機構為聯盟理事大會。聯盟設立理事會和秘書處，理事會是決策與指導機構，秘書處是日常運行機構。

理事會由成員單位推薦選舉代表組成, 主要職責如下：

（一）制定和修改聯盟章程；

（二）選舉和罷免領導機構成員；

（三）制定聯盟年度工作方案；

（四）審議聯盟年度工作報告；

（五）審議通過聯盟常務理事會或理事提出的議案；

（六）制定聯盟基本規章制度。

理事長、副理事長等常務理事，組成常務理事會，其主要職責是：

（一）執行理事會決議；

（二）實施聯盟年度工作方案；

（三）根據聯盟發展實際，提交聯盟發展有關議案；

（四）決定理事會召開的時間、地點和審議的主要內容；

（五）在理事會閉會期間,討論和決定聯盟的有關重要事項；

秘書處是聯盟理事會及其常務理事會的常設辦事機構,辦公地點設在浙江省高等學校師資培訓中心，其主要職責如下：

（一）負責聯盟年度工作方案的落實；

（二）收集、發布聯盟活動信息；

（三）負責聯盟的宣傳和檔案管理等工作；

（四）籌備組織理事大會和常務理事會議，負責起草會議文件，撰寫工作報告；

（五）創辦聯盟網站并維護其正常運行, 負責聯盟的聯絡工作；

（六）負責聯盟財務管理工作。